DATOS HISTÓRICOS
Los restos arqueológicos más antiguos encontrados en su término municipal, que delatan la presencia humana, se remontan, por ahora, a la época del Neolítico final, con el hallazgo de cerámica fabricada a mano, con carena baja y mamelones, además de varios útiles líticos: puntas de flecha, dientes de hoz, machacadores, etc.Entre finales del IV milenio a. C. y los primeros siglos del III milenio, hubo un pequeño asentamiento en las inmediaciones de Santo Tomé. Se trataba de un grupo de personas que buscaban nuevas tierras para cultivo y pastoreo, mejores suelos para el aprovechamiento hortícola y cerealista empleando la técnica de quemar el bosque usando las cenizas como fertilizantes y explotar el suelo hasta su agotamiento. El asentamiento estaba constituido por una agrupación de pequeñas cabañas de forma circular, sin cimentación o ligeramente excavadas, construidas con piedras pequeñas en la base, y el resto con cañas y ramas trabadas con barro.
De la Edad del Cobre existe un yacimiento cercano a la Agrupación de Santo Tomé (conocida también por Montiel), que ha sufrido diversas y recientes devastaciones. En 1983 un equipo de arqueólogos del entonces Colegio Universitario de Jaén llevaron a cabo dos catas para determinar su estratigrafía, confirmando un asentamiento con varias cabañas circulares pertenecientes a esta época, con superposición de sucesivas culturas.
Durante el dominio romano de la península, la zona estuvo ocupada por numerosas villas rústicas, como la de Las Graveras. En el Museo Provincial se conservan varias lápidas y otros objetos de este periodo. De la época visigoda se conserva una lápida funeraria (en el Museo Arqueológico Provincial) cuya traducción viene a decir: «Avilia Marcela, de treinta y cinco años de edad, aquí está sepultada.- Séale la tierra ligera, sus compañeros le dedicaron este recuerdo».
En época musulmana fue una de las alquerías que se dieron en la zona y contaba con una torre para su protección. La torre, mencionada en las crónicas cristianas inmediatas a la conquista, fue posteriormente transformada en campanario de la iglesia parroquial. Santo Tomé pasó a formar parte del Adelantamiento de Cazorla, patrimonio del arzobispo de Toledo, junto con otras poblaciones de la comarca. En 1438 el arzobispo autorizó la fundación de esta población a Pero Díaz de Toledo, quien relató que al llegar al lugar sólo existían un cortijo y una vieja torre.
En el año 1543, Día Sánchez de Quesada, sexto señor de Garcíez y de la Torre de Santo Tomé, se casó con Leonor de Acuña, señora del castillo y heredamiento de Nínchez y Chozas en Baeza. Posteriormente, el Vizcondado de Santo Tomé fue creado en 1627 por Felipe IV a favor de Hernando de Quesada Mendoza y Toledo.